Notre corps est colonisé par des milliers de milliards de microbes qui en recouvrent l’extérieur comme l’intérieur. À ce jour, les chercheurs ont identifié plus de 10 000 espèces de microbes ; ils comprennent des bactéries, des champignons et des virus, mais ce sont les bactéries qui sont majoritaires. Nous interagissons à chaque moment avec ces organismes et avec leur matériel génétique. Cet écosystème interne, complexe, est appelé « microbiome ». Au niveau de l’intestin, il abrite les bactéries intestinales qui sont regroupées sous le terme de « microbiote » ou « flore intestinale ». Il est maintenant reconnu que l’état de ce microbiome est un élément crucial de la santé et qu’il doit être considéré comme un organe, à part entière, qui peut moduler, dans une certaine mesure, l’expression de nos gènes. L’importance du microbiome a convaincu le National Institute of Health, aux États-Unis, de lancer, en 2008, le projet « microbiome humain », qui est une extension du projet génome humain.
Il ne fait aucun doute, aujourd’hui, que cette flore intestinale participe à de nombreuses fonctions. Elle contribue, notamment, au bon fonctionnement du système immunitaire, à la détoxication, à la lutte contre l’inflammation, à la production de neurotransmetteurs, de vitamines, à l’absorption de nutriments, à la sensation de faim ou de satiété, et à l’utilisation des sucres et des graisses. La flore intestinale agit sur notre humeur, notre libido, la clarté de nos pensées et même sur notre perception du monde. Certaines bactéries sont des résidentes permanentes : elles forment des colonies de longue durée. D’autres ne sont que de passage, elles se déplacent le long du tube digestif ou elles forment de petites colonies qui sont essentielles à certaines tâches.
C’est le système nerveux qui est le plus sensible aux modifications de la flore intestinale, car très sensible à l’inflammation chronique et à l’action des radicaux libres. Or, il est établi que la flore microbienne est directement liée à ces manifestations. Mieux encore ! Ce lien intime entre intestin et cerveau est bidirectionnel : tout comme une anxiété ou une peur peut entraîner un mal de ventre, l’intestin peut envoyer des signaux de calme ou d’anxiété au cerveau. La sérotonine, la molécule du bonheur, est produite à 85 % par les cellules nerveuses de l’intestin, et les neurones de l’intestin sont si nombreux, qu’on a fini par le qualifier de « deuxième cerveau ».
Notre intestin possède aussi son propre système immunitaire : le GALT (gut-associated lymphatic tissue). Il constitue à lui seul 70 % de l’ensemble de notre système immunitaire, et ceci pour une raison simple : la paroi intestinale est directement en contact avec le monde extérieur. Or elle est très fragile, car faite d’une couche unique, d’où l’importance fondamentale du maintien de son intégrité. C’est le rôle de la flore intestinale que d’assurer le maintien de cette paroi. Saviez-vous que les cellules de l’intestin se renouvellent toutes les 24 à 36 heures ? À tel point que 50 % des selles sont formées de cellules intestinales. Si l’abrasion des cellules devient trop importante, la barrière intestinale est moins performante et les substances toxiques sont moins bien éliminées. On parle alors de « syndrome de l’intestin perméable ». Les toxines non éliminées par l’intestin pénètrent dans l’organisme, ce qui stimule l’immunité, et pourrait être à l’origine de certaines maladies auto-immunes, ou encore d’une inflammation généralisée.
Chaque grand groupe de bactéries intestinales est composé de nombreuses souches, et chacune de ces souches peut exercer différents effets ; les deux groupes les plus importants sont les firmicutes et les bactéroïdètes. Les firmicutes excellent à extraire l’énergie des aliments, elles sont aussi essentielles pour l’absorption des graisses. Les sujets obèses ont des taux élevés de firmicutes dans la flore intestinale, comparé aux personnes maigres qui, au contraire, ont des taux élevés de bactéroïdètes. Les taux élevés de firmicutes activent les gènes de l’obésité, du diabète, ainsi que des maladies cardiovasculaires. En pratique, le ratio firmicutes/bactéroïdètes est un très bon critère pour déterminer l’état de santé et le potentiel de longévité, car ce rapport peut modifier l’expression génétique.
La flore intestinale subi trois causes de dégâts :
1/ l’exposition à des substances qui tuent les colonies bactériennes ou bien perturbent leur composition. Substances chimiques dans l’environnement, substances alimentaires (sucre et gluten), agents de traitement des eaux, médicaments (comme les antibiotiques, par exemple) ;
2/ le défaut de nutriments capables de maintenir les colonies bactériennes en bonne santé. Par exemple une alimentation pauvre en fibres appauvrit la diversité de la flore intestinale, au détriment des bonnes bactéries ;
3/ le stress, qui est un des facteurs de déséquilibre le plus important. Il est bien connu qu’un stress important provoque souvent une diarrhée ou un autre trouble intestinal qui affecte la flore microbienne.